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本文系统阐述了肿瘤基因检测中样本采集的核心知识与操作规范。文章首先介绍了组织、外周血和细胞学标本三大样本类型,并明确了组织样本为金标准的优先选择顺序。随后详细解释了蜡块、白片、病理切片等不同样本形态的区别与用途。针对临床常见问题,文章提供了不同肿瘤患者细胞学标本的选择建议、多病灶送检策略、PD-L1检测的样本要求,并重点分析了组织和血液样本质控不合格的常见原因。最后,文章规范了血液样本的采集、保存与运输流程,并强调了ctDNA检测的适宜采血时机及相关注意事项。
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导读肿瘤基因检测在预防、诊断和治疗肿瘤方面发挥着越来越重要的作用。肿瘤基因检测实验技术流程第一步就是患者样本的采集与运输,但是样本采集中的DNA污染却成为制约检测结果准确性和可靠性的关键因素。那么,样本采集DNA污染究竟来自哪里?我们又该如何控制呢?本期小编带大家一起来了解肿瘤基因检测样本采集DNA污染来源以及防控措施。本期预览1、什么是DNA污染? 2、哪些情况下容易发生样本采集污染? 3、如何
导读
肿瘤基因检测在预防、诊断和治疗肿瘤方面发挥着越来越重要的作用。肿瘤基因检测实验技术流程第一步就是患者样本的采集与运输,但是样本采集中的DNA污染却成为制约检测结果准确性和可靠性的关键因素。那么,样本采集DNA污染究竟来自哪里?我们又该如何控制呢?本期小编带大家一起来了解肿瘤基因检测样本采集DNA污染来源以及防控措施。
本期预览
1、什么是DNA污染?
2、哪些情况下容易发生样本采集污染?
3、如何有效地避免样本采集污染?
QUESTION
1、什么是DNA污染?
DNA污染是指在患者样本的提取或检验过程中,实验样本中混入了外源DNA(一般指人基因组DNA),这些外源DNA可能来源于其他实验样本、实验器皿或实验室环境等。DNA污染是DNA测序研究中常见的问题,这种污染可能导致研究者错误地将外源DNA的信号与研究对象的信号混淆,从而影响实验结果的可靠性。样本采集是精准医疗实验流程中首要关键步骤,特别是对于基因检测而言。由于各种样本类型在采集设备、采集步骤、保存条件以及运输方法上的特定要求各异,这一过程的复杂性使得污染风险显著增加。
QUESTION
2、哪些情况下容易发生样本采集污染?
样本采集过程中出现污染的因素可能包括但不限于以下几点:
1. 环境因素:实验室或采集现场的环境如果未能保持清洁和无菌,可能会导致样本受到来自空气、表面或设备的污染。
2. 操作人员因素:操作人员的衣物、皮肤或呼吸道可能含有DNA,如果未穿戴适当的个人防护装备(如手套、口罩、帽子和实验室大衣),可能会造成样本污染。
3. 重复使用的设备:如果采样设备(如棉签、注射器、手术器械等)未经适当清洁和消毒就重复使用,可能会引入前一次使用的残留DNA。
4. 样本处理不当:在处理样本时,未能遵循正确的操作程序,如切片制作步骤复杂,任一环节都可能发生污染,以下是常见原因:
取材
镊子、取材刀、取材板等取材设备容易将上一个组织污染到下一个组织中,造成相互之间的污染。
脱水、透明、浸蜡
固定不良的组织放在同一个脱水框中在脱水过程中会互相粘连,或脱水液、浸蜡用蜡在使用过程中会有一些组织碎片漂浮,容易导致组织污染。
包埋
包埋机保温箱内的包埋蜡中漂浮的组织碎片,或包埋过程中用镊子夹取组织导致组织之间的污染。
切片
切片刀、刀架、切片用毛笔粘附上一个蜡块的组织碎片,造成第二个蜡块切片的污染。
展片、附贴
水温过高,则石蜡迅速溶解致切片散碎,容易引起切片的污染。
5. 交叉污染:在不同样本之间未能正确隔离或标识,可能会导致样本之间的交叉污染。
6. 样本运输和存储:如果样本在运输或存储过程中未能妥善密封或保持在适当的温度,可能会引入或促进污染。
7. 患者治疗史:近期患者存在输血(尤其输入全血)或骨髓移植史,导致其他人源DNA混入患者外周血中,从而影响检测结果的准确性以及可靠性。
QUESTION
3、如何有效地避免样本采集污染?
DNA污染是常见且不可避免的一种现象,只能通过建立有效的防控措施来尽量避免污染,提高肿瘤基因检测的准确性和可靠性。为了有效避免样本采集污染,以下是一些重要的措施:
(1) 采集前的准备
❖ 确保采集工具的无菌性。使用前,应检查并确保所有器具都已清洁并消毒。
❖ 采集人员应佩戴手套和口罩,避免直接接触样本,减少交叉污染的风险。
❖ 采集人员应保持良好的个人卫生,避免将个人DNA带入样本中。
(2)样本采集
❖ 选择合适的样本容器,确保容器本身不含有DNA或其他污染物。
❖ 使用密封性良好的容器,比如选择专用的螺口管,必要时可使用封口膜将采集管进行密封,避免渗漏,减少在运输和保存过程中受到污染。
❖ 对于口腔拭子,采集时要均匀刷拭口腔内部的不同区域,避免食物残渣和其他污染物的干扰。
❖ 对于血液样本,应使用无菌的采血针和试管,避免重复使用采血管,确保血液在采集过程中不受到外部污染;同时体液采集时需要关注患者是否经过输血或骨髓移植,《遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨(1)-遗传检测前流程》指出:无白细胞的成分输血通常无影响,输全血者应该在3个月内无输血史;进行过骨髓移植者不能用外周血样进行分子生物学检测;其他器官移植者影响较小,最好采集口腔粘膜或尿液脱落上皮细胞代替外周血进行基因检测。
❖ 制备组织切片流程环节复杂,尤其包埋、切片、展片、附贴过程是最容易造成组织碎屑污染的环节,因此特别应引起重视,严格按照各项规程操作。
(3)样本的标记与记录
❖ 对每个样本进行明确的标记,包括采集时间、采集部位、采集人员等信息。
❖ 记录样本的详细信息,以便在后续分析中追踪和确认样本的来源。
(4)样本的运输与存储
❖ 在样本运输过程中,应使用专用的样本运输箱或容器,确保样本在运输过程中不受到破坏和污染。比如血液采集管等玻璃器皿可使用气泡袋包装,蜡块或切片等组织样本可使用填充物,防止震荡破碎。
❖ 样本存储时,应选择合适的存储条件,如温度、湿度等,防止DNA降解和污染。
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安徽安龙基因科技有限公司(简称安龙基因)成立于2016年9月1日,创始团队成员来自清华大学医学院,是一家同时拥有第三方检测服务和IVD试剂及仪器研发、生产、注册和销售为一体的国家高新技术企业。
公司研发的技术注重临床应用便利性,具有更简便的操作和更快速的流程;目前已开发了包括OmegaSeq扩增子捕获建库技术、多重引物/探针双阻断ctDNA甲基化检测技术以及自动化数据分析技术等多项肿瘤精准医疗伴随诊断/辅助诊疗技术,已建立10万余例近30种癌症基因数据库,形成了企业在行业内的技术壁垒。
此外,公司严格按照ISO15189标准建立医学实验室的质量管理体系,全面提高实验室的服务质量,保证检验报告的公正性、科学性和准确性。此外,还搭建了包括PCR、数字PCR、一代测序、二代测序等在内的多种检测平台,第三方检测服务产品覆盖了精准免疫治疗、肿瘤精准用药指导、肿瘤早期筛查、肿瘤遗传性筛查及预后预测等全周期服务,提供肿瘤精准诊疗整体解决方案。公司拥有多个国内首创癌症早筛产品,并针对临床开发了拥有自主知识产权、国内首创的全自动核酸提取硫化仪。
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精准医疗时代刚刚来临,预示着我们的长途跋涉才刚刚启程。安龙基因将会用科学守护生命之光!